Coloque a abobrinha com a água em uma fôrma refratária, tampe e leve ao microondas em potência alta por 6 a 8 minutos. Deixe descansar por 1 minuto.
Junte a cebola, o tomilho e a pimenta. Misture bem, tampe e leve ao microondas na potência alta por 4 a 6 minutos, mexendo na metade do tempo. Quando a abobrinha estiver macia, adicione o tomate e as ervas, cubra e leve ao microondas por 2 a 3 minutos, ou até que o tomate esteja aquecido.
Polvilhe com o queijo e leve ao forno para derretê-lo por 30 segundos na potência alta.